Hai công trình khoa học được tặng Giải thưởng Hồ Chí Minh (giải thưởng khoa học và công nghệ cao quý nhất của Việt Nam):
Năm 1996, Cụm công trình "" của Giáo sư Đỗ Xuân Hợp được tặng Giải thưởng Hồ Chí Minh đợt 1.
Năm 2005, Cụm công trình ghép tạng (của các tác giả: GS.TS Phạm Gia Khánh, GS.TSKH Lê Thế Trung, GS.TSKH Phạm Mạnh Hùng, GS.TS Đỗ Kim Sơn, PGS Tôn Thất Bách, PGS.TS Trương Văn Việt, TS Trần Ngọc Sinh, PGS.TS Phạm Như Thế, PGS.TS Nguyễn Thanh Liêm và các cộng sự) được Nhà nước trao Giải thưởng Hồ Chí Minh.
2 đề tài khoa học được tặng Giải thưởng sáng tạo kỹ thuật toàn quốc VIFOTEC, 3 đề tài khoa học được tặng giải thưởng của Tổ chức Sở hữu Trí tuệ Thế giới (WIPO).
2 đơn vị trực thuộc Học viện và 16 cán bộ từng công tác, học tập tại Học viện được phong danh hiệu Anh hùng; hàng trăm lượt đơn vị được tặng Huân chương Quân công, Huân chương Chiến công, Huân chương Lao động, Huân chương Bảo vệ Tổ Quốc...
Từ 1996 - 2007 (13 năm liên tục) Học viện được Bộ giáo dục - Đào tạo tặng bằng khen về thành tích xuất sắc trong phong trào sinh viên nghiên cứu khoa học.
